L’intonazione naturale, detta anche giusta, accorda gli intervalli secondo rapporti di frequenza tra numeri interi piccoli, gli stessi che compaiono tra gli armonici di un suono: 2:1 per l’ottava, 3:2 per la quinta, 4:3 per la quarta, 5:4 per la terza maggiore, 6:5 per la terza minore. In un accordo così intonato molti armonici delle note coincidono, i battimenti si fermano e il suono appare particolarmente limpido e fuso.

Il prezzo è la rigidità. Combinando intervalli giusti non si torna mai esattamente al punto di partenza: emergono piccoli scarti, i comma, come il comma sintonico di 81:80, circa 22 cent, e i toni interi si presentano in due grandezze diverse, 9:8 e 10:9. Per questo uno strumento a intonazione fissa accordato in modo giusto suona bene in poche tonalità e male nelle altre, problema che il temperamento equabile risolve rinunciando alla purezza degli intervalli. Voci e archi possono avvicinarsi all’intonazione giusta in modo flessibile, e nel Novecento compositori come La Monte Young, Terry Riley e Catherine Christer Hennix ne hanno fatto il fondamento di una musica di bordoni e accordi tenuti.